In ihrer Masterarbeit erschließen die Studierenden eine komplexe Themenstellung durch eigenständige Forschung. Dabei besteht viel Flexibilität zur persönlichen Schwerpunktsetzung. Für die Betreuung von Masterarbeiten stehen alle Arbeitsgruppen der beteiligten Fächer beider Universitäten gleichermaßen zur Verfügung. Masterarbeiten können also auch universitätsübergreifend erstellt werden. Sie werden dabei in Forschungsprojekte der jeweiligen Arbeitsgruppen eingebettet. Die Studierenden erleben hierdurch, dass aktuelle Forschung in der Regel in (inter-)nationaler Kooperation stattfindet.