Die Module aus Modulbereich "A Fachwissenschaftliche Vertiefung" entstammen bestehenden Studiengängen. Alle anderen Module werden speziell für das Elite-Programm eingerichtet und wenden sich entsprechend nur an die Studierenden im Elite-Programm.
Lehrangebote der Modulbereiche "B Fachdidaktische Vertiefung" und "D Professionsspezifische Schlüsselkompetenzen" werden in der Regel als Blockveranstaltungen an vorlesungsfreien Tagen durchgeführt, um terminliche Kollisionen mit den Veranstaltungen der regulären Lehramtsstudiengänge zu vermeiden.
In einem flexiblen Wechsel aus Phasen der Lehre durch eine Dozentin bzw. einen Dozenten, seminarähnlichen Präsentationen von Studierenden, informellen Diskussionen in Gruppen und individueller Einzelarbeit befassen sich die Studierenden mit einem aktuellen Forschungsthema. Charakteristisch für diese innovative Lehrform ist eine hohe Betreuungsintensität; gleichzeitig erhalten die Studierenden aber auch deutliche Freiräume für eigenverantwortliches, selbständiges und kooperatives Arbeiten, um gezielt entsprechende Fähigkeiten für wissenschaftliches Forschen zu entwickeln.
Die Studierenden setzen sich mit einer Forschungsfrage – auch interdisziplinär – praxisbezogen auseinander. Es besteht die Möglichkeit, dies mit einem Forschungsaufenthalt bei einem externen Kooperationspartner zu verbinden.
Einmal jährlich findet in der vorlesungsfreien Zeit im Sommer eine fünftägige Ferienakademie speziell für die Studierenden im Elite-Programm beider Universitäten statt. Als Ort wird in der Regel ein Tagungshaus in Nordbayern oder eine der beiden Universitäten gewählt. Das Lehrprogramm umfasst fachwissenschaftliche und fachdidaktische Anteile (insbesondere auch fächerübergreifend konzipiert) sowie Angebote zur Entwicklung professionsspezifischer Schlüsselkompetenzen und zur Persönlichkeitsbildung. Neben den Lehrveranstaltungen fördert das Rahmenprogramm die fächerübergreifende Interaktion zwischen den Studierenden, aber auch zwischen Lehrenden und Studierenden.